污水生物除磷是利用聚磷菌的量磷吸收现象。水质发现聚磷菌在厌氧条件下，会释放出在好氧条件下吸收的磷。进入好氧区后，聚磷菌可将积贮的PHB好氧分解，释放出的大量能量可供聚磷菌生长繁殖。
微生物在好氧条件下吸收的磷大大过在厌氧条件下释放的磷。由于系统经常排放剩余污泥，被细菌过量摄取的磷也将随之排出系统，水质监控后得到的监控数据可以指导实施措施达到好的除磷效果。
影响除磷的因素：
1、溶解氧
首先必须在厌氧区控制严格的厌氧环境。这直接关系到聚磷菌的生长状况、释磷能力及利用**基质合成PBH的能力。
其次是必须在好氧区提供充足的溶解氧。以满足聚磷菌对储存的PHB进行降解，释放足够的能量供其过量摄磷之用，以便有效的吸收废水中的磷。
一般厌氧段的DO要严格控制在0.2mg/L以下，二好氧段的DO要控制在2mg/L以上。这个指标可以通过水质来监控。
2、盐含量
硝态氮的存在也会消耗**基质而抑制聚磷菌对磷的释放，进而影响好氧条件下聚磷菌对磷的吸收。另外，硝态氮的存在会被部分聚磷菌作为电子受体进行反硝化，从而影响其以发酵产物作为电子受体进行发酵产酸、抑制聚磷菌的释磷和摄磷能力及PBH的合成能力。
3、温度
一般来说，在5~30℃范围内，都可以收到较好的除磷效果
4、PH值
PH值在6~8时，磷的释放比较稳定
5、BOD5负荷和**物性质
一般认为，进水BOD5/TP大于15，水质才可以获得理想的除磷效果。为此，可以采用部分进水和跨越初沉池的方法，获得除磷所需的BOD5量。
6、泥龄
一般以除磷为目的的生物处理系统的泥龄要控制在3.5~7d
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